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그동안의 R&D투자의 성과와 한계
지구촌 경제의 개방.자유화와 함께 지식기반사회로의 전환에 따라  성장을 좌우하는 결정적인 생산요소는 전통적인 노동.자본에서 기술혁신으로 변화해 왔다. 세계경제에서 R&D의 성장기여도는 70년대 13%대에서 90년대 후반에는 55%대로 확대되었고, 우리나라도 80년대 후반까지 23%수준이었던 것이 ‘90년대 이후 30%를 넘어서게 되었다. 그 때문에 정부는 과학기술 경쟁력을 높이고 미래 성장잠재력을 확충하기 위해 지난 5년간 R&D 투자의 연평균 증가율을 10.7% 이상 확대해 왔다. 이러한 투자에 힘입어 세계적 과학학술지 Nature, Science, Cell 등에 게재되는 논문수도 크게 증가하고, 우리나라의 과학, 기술경쟁력 세계 순위도 최근 5년간 크게 상승하였다. 세계 최초 Wibro 서비스 상용화, 다목적실용위성 2호 발사, 자기부상열차 개발 등 연구개발의 성과도 거두었다.

그동안 R&D 투자의 양적 확대에 따른 가시적인 성과가 있었지만 투자의 효율을 근본적으로 제고하여야 한다는 지적이 지속적으로 제기되어 왔다. 그 배경에는 우리 경제가 성숙됨에 따라 종전의 선진국 모방형(catch-up) 기술개발 전략이 더이상 유효하지 않게 되었고, 중국 등 후발 경쟁국의 추격이 심화되고 있어 경쟁우위 확보를 위한 근본적인 전략 변화가 필요한 상황이 되었다. 그러나 국내 연구환경은 ‘90년대 중반에 경쟁을 촉진하기 위해 도입한 연구과제 중심제도(project-based system)의 경직적 운영, 과학기술 선진국들과의 인적 교류의 부족 등으로 국내 연구진 중심의 연구역량에 한계를 보여 왔고, 기후변화 등 글로벌 이슈에 대한 체계적 대응도 미흡했던 것이 사실이다.
이명박정부는 그러한 점을 인식, 정부와 민간의 R&D 투자규모를 2008년 GDP의 3%수준에서 2012년까지 5%수준까지 확대하는 한편, 선진국 추격형 R&D정책의 한계를 넘어서서 창조형 R&D정책으로의 전환을 위해 정부 R&D예산 중에서 기초, 원천 연구에 대한 투자비중도 25%에서 50%까지 높여 나가기로 했다. 또한, PBS제도를 개선하여 정부 출연연구기관의 안정적인 연구환경을 조성하기로 하였다. 한편, 우리경제의 성장 잠재력 확충을 통한 경제 재도약을 위하여 녹색기술(green technology) 등 미래 선도기술 중심으로 성장동력을 창출해 나가기로 하였다. 금번 2009년도 R&D예산(안)은 이명박정부의 R&D정책의 기조를 충실히 반영하는데 중점을 두었다.

2009년도 R&D예산의 규모와 특징

정부는 정부부문과 민간부문의 R&D 총투자 규모를 2012년까지 GDP대비 5% 수준으로 끌어 올리기 위해 2008년 11.1조원1)인 재정투자를 2012년에는 1.5배인 16.6조원 수준으로 확대하기로 하였다. 이를 위해 내년도 정부 R&D예산(안)은 금년대비 10.8% 증가한 12조 2,731억원 규모로 편성하였다. 내년도 R&D예산 증가율은 복지(9.0%), 교육(8.8%), SOC(7.9%), 국방(7.5%), 등 여타 분야 증가율을 상회하는 것이며 유일하게 두자릿 수 증가율을 기록하고 있다. 이는 미래 성장동력 확충을 위한 이명박정부의 정책의지가 반영된 결과라고 할 수 있다.
한편, GDP대비 5% 투자비중 목표 달성을 위해 세제지원 등을 통해 민간투자도 적극 유인할 계획이다. R&D 시설투자에 대한 세액공제 한도를 금년 1월부터 소급하여 투자금액의 7%에서 10%로 확대하였다. 또한, 중소기업의 R&D비용 세액공제를 투자금액의 15%에서 25%로 확대하고, 매출액의 3% 범위 내에서 R&D준비금의 손금 산입제도를 도입하는 등의 세제 개편안을 마련하여 10월초 정기국회에 제출할 예정이다.  
내년도 정부 R&D예산의 특징은 녹색기술과 창조형 R&D를 중심으로 한 전략적 투자와 R&D 투자효율 제고를 위한 강도 높은 제도개선으로 요약할 수 있다. 첫째, 전략적 투자는 창의적인 아이디어가 자유롭게 발현될 수 있도록 개인 단위의 기초연구를 확대하고, 신재생에너지 등 녹색기술, 컨텐츠 등 지식기반서비스와 같이 세계시장에서 기술선점이 가능한 미래 신성장동력 사업을 적극 발굴, 지원하는 한편, 해외 우수 과학자들과의 인적교류를 활성화하여 국내의 연구역량을 제고하는 것이다. 둘째, R&D 투자 효율성 제고는 PBS제도를 개편, 출연연구기관에 대한 정부의 직접출연 인건비 비중을 상향 조정하고, 사업구조를 중장기 고유미션 중심으로 개편함으로써 안정적 연구환경 조성과 함께 연구경쟁력 제고를 유도하고 또한 부처별 연구관리 전문기관의 통합과 함께 연구비 관리제도의 전면적인 개편을 통해 국가 R&D사업에 대한 예산낭비 요소를 미연에 방지하는 것이다.
이와 같은 전략성과 효율성을 토대로 R&D투자가 소기의 성과를 낼 수 있도록 추진된다면 우리의 과학기술이 삶의 질을 풍요롭게 하고, 성장동력을 창출하는 데 선도적 역할을 할 것으로 기대한다.

성장동력 창출을 위한 R&D예산의 전략적 투자 

첫째, 미래에 대비한 9대 기술 분야별 투자방향을 설정하고, 정부와 민간의 역할분담을 통한 「선택과 집중의 원칙」에 따라 내년도 R&D예산을 전략적으로 배분하였다. 세계시장에서 기술선점 및 신산업 창출 효과가 큰 에너지.자원(10.6 → 11.2%), 환경(3.6 → 4.1%), 소재.나노(3.6 → 4.6%), 우주.항공.천문.해양(7.9 → 8.1%) 등 미래 선도.기초원천 분야에 대한 투자비중을 확대하는 한편, 정보.전자(17.1 → 16.1%), 기계.제조(11.8 → 11.3%)2) 등 민간부문에서의 기술역량이 성숙되어 있는 개발.실용화 분야는 정부의 투자비중을 축소하여 민간의 역할을 강화해 나가도록 하였다.       

둘째, 창조형 R&D 투자를 통한 핵심기술 선점을 위해 기초, 원천분야에 대한 투자를 확대하여 정부 R&D예산에서 차지하는 기초, 원천 비중을 2008년 25% 수준에서 2012년까지 50% 수준으로 제고해 나갈 계획이다. 이를 위해, 내년도 예산에서는 대학의 신진교수 등에게 보다 많은 연구기회를 줌으로써 핵심 연구인력으로 성장해 나갈 수 있도록 창의적 개인, 기초연구 지원을 금년의 3,640억원에서 37.4% 증가된 5,000억원 규모로 대폭 증액하는 한편, KIST, 표준연구원, 생명공학연구원, 천문연구원 등 기초분야 출연연구기관에 대한 지원도 크게 확대하였다. 또한, 뇌과학, 기후변화 대응, 핵융합 등 미래유망 기초연구 분야에 대한 기술개발 지원을 강화하고 연구장비 공동활용 지원 등을 통해 기초연구의 기반도 확충하였다. 이러한 노력으로 인해 내년도 R&D예산에서 차지하는 기초연구 비중은 금년도 25.6%에서 29% 수준으로 확대될 전망이다.
셋째, 앞으로 대한민국을 먹여 살릴 새로운 성장원천 발굴을 통해 선진경제로의 도약기반을 강화해 나가기 위해 신성장동력사업 지원 예산을 대폭 확대하였다. IT.BT.NT 등 기술 분야간 융합연구 및 태동기 원천기술 분야에 적극 투자함으로써 선도형 미래유망기술을 적극 발굴하는 한편, 자동차, 조선 등 성숙기에 접어든 기존 주력기간산업의 경우 그린카(green car), 차세대선박(wise ship) 개발 등을 통해 친환경.고부가가치 산업으로 전환될 수 있도록 선도형 신기술 성장동력사업에 대한 지원을 7,849억원에서 1조 1,923억원으로 확대하였다. 또한, 투입대비 고용창출 및 부가가치 효과가 큰 컨텐츠기술(CT), 디자인 등 지식기반서비스 산업에 대한 R&D 지원을 2,445억원에서 2,831억원으로 증액하고, 기술혁신형 중소기업을 발굴, 지원함으로써 중견기업으로 성장해 나갈 수 있는 기반을 마련할 수 있도록 기술혁신형 중소기업 예산을 4,300억원에서 4,870억원으로 확대하였다.
넷째, 고유가, 기후변화 등에 대응, 우리의 경제체질을 바꾸고 지속가능한 저탄소 녹색성장(low carbon, green growth)을 적극 뒷받침하기 위해 친환경 녹색기술 개발 지원을 1조 812억원에서 1조 3,069억원으로 대폭 확대하였다. 저비용, 고효율 LED(light emitting diode, 발광다이오드) 기술개발 등을 통해 에너지 절약형 경제구조로의 전환을 단계적으로 유도해 나가는 한편, 기후변화협약에 따른 온실가스 감축의무에 대비하여 CO2 배출저감기술 등에 대한 투자를 확대하고 태양광, 수소연료전지, 풍력 등 친환경 그린에너지원 확보를 위한 기술개발도  강화하였다. 이러한 녹색기술(Green Technology) 및 청정에너지 개발을 통해 새로운 일자리를 만들고, 신성장동력을 창출하여 신국가발전 패러다임을 미래의 새로운 비전으로 제시해 나갈 수 있을 것이다.
다섯째, 안전, 복지, 환경 등 국민생활과 밀접한 분야에서 국가주도형 연구개발을 강화하여 국민의 삶의 질 향상을 도모하였다. 첨단영상 치안망 기술개발을 신규 지원하고, 진단센서와 네트워크를 통해 언제 어디서나 원격진료 및 건강관리 서비스를 받을 수 있도록 u-Health서비스 개발사업도 신규로 반영하였다. 또한, 환경요인에 기인한 신.변종 바이러스, 재출현 전염병, 피부질환 등 국가 위기질환과 희귀 난치성질환에 대한 연구 및 진단치료기술 개발을 적극 지원하고, 조류인플루엔자, 광우병 등 인수공통전염병에 대한 국제공동연구 및 백신개발을 위한 예산 지원도 확대하였다. 한편, 오염물질의 장기간 노출에 따라 건강피해 우려가 높은 산업단지나 폐광지역 등의 주민들에 대해서는 건강영향 장기 추적조사를 실시하여 건강피해 예방대책을 적절히 수립할 수 있도록 예산을 반영하였다.
여섯째, 국내의 대학, 출연연구기관 등의 연구역량을 획기적으로 제고해 나가기 위해 핵심 과학기술분야에서 해외 우수 과학자들과의 인적교류가 확대될 수 있도록 국제공동연구에 대한 지원을 강화하였다. 해외 우수 과학자들을 국적과 상관없이 국내에  유치하고 국내 연구진들과의 공동연구를 활성화함으로써 과학기술 선진국의 앞선 연구성과와 경험 등이 도입될 수 있도록 세계적 수준의 연구중심대학(World Class University) 사업에 1,650억원을 지원하였고, 국내 최고수준의 연구원들을 선발하여 일정기간동안 해외 유수의 대학이나 연구기관에 파견함으로써 개인적 연구역량을 제고하고 우수한 연구성과를 달성할 수 있는 기회도 제공할 수 있도록 예산을 반영하였다. 

투자효율 제고를 위한 R&D 운영시스템 혁신

R&D투자 확대와 함께 투자효율을 떨어뜨리는 각종 제도의 개선을 통해 연구성과가 극대화 되도록 하였다.
첫째, 출연연구기관의 연구원들이 프로젝트 수주보다는 연구활동에 전념할 수 있도록 ‘90년대 중반부터 운용해 오던 PBS제도3)를 전면 개편하였다. 먼저, 직접출연 인건비 지원비중을 ‘11년까지 평균 70%수준까지 단계적으로 늘려 나가기로 하고, 금년에 31% 수준이던 직접출연 인건비 비중을 내년에는 50%수준으로 상향 조정하였다. PBS는 출연연구기관에 연구활동과 관계없이 인건비를 출연금으로 지원함에 따라 연구원의 무사안일, 비효율 등이 부각된데 따라 도입되었는데, 최근까지 지나친 과제수주 경쟁에 의한 연구활동의 불안정, 개인중심의 연구 분위기 및 연구자간 장벽 조장, 출연연구기관의 고유 기능인 국가적 이슈 해결을 위한 중장기, 대형 연구과제의 안정적 수행 곤란 등 문제점이 지적되어 왔다. 한편, 출연연구기관들의 사업구조도 창의연구사업과 기관목적사업 중심으로 재편하여 연구기관별로 고유임무에 부합되면서 세계적 경쟁력을 갖출 수 있는 분야에 연구역량을 집중할 수 있도록 하였고, 연구원들이 개인역량을 제고할 수 있도록 창의연구사업을 통해 개인별, 팀별 소규모 창의과제를 지원하기로 하였다.
둘째, 그동안 R&D예산이 크게 늘어나면서 동일 부처 내에서 조차 연구개발사업의 기획 및 집행관리 기능을 담당하는 다수의 연구관리 전문기관을 설립, 운영함에 따라 연구과제의 중복 조정 및 연계 지원에 어려움이 야기되는 등 R&D예산 집행의 효율성이 크게 떨어지는 문제점이 꾸준히 지적되어 왔다. 이를 해소하기 위해 부처별로 유사 연구관리 전문기관들의 구조개편을 통해 효율적인 연구비 집행관리체제를 구축하도록 하였다. 우선, 교육과학기술부 소관 R&D사업을 관리하고 있는 과학재단과 학술진흥재단을 2009년에 한국연구재단(가칭)으로 통합 운영토록 하는 한편, 산업기술평가원(ITEP), 정보통신연구진흥원(IITA), 한국산업기술재단(KOTEP), 에너지기술기획평가원 등 지식경제부 산하 12개 연구관리 전문기관들도 산업기술분야 및 에너지분야별로 유사기관들을 통합 개편할 예정이다.
셋째, 편성된 R&D예산이 집행되는 과정에서 수요자 보다 공급자 중심으로 경직되게 운용되던 연구비 관리시스템을 전면 개편하기로 하였다. 연구비 비목구조를 15세목에서 6세목으로 대폭 간소화하여 내, 외부인건비를 통합하고, 디자인.설계.컨텐츠.SW 등 지식서비스 분야에서 내부인건비 지급을 허용하는 한편, 대학이 연구실(Lab) 단위로 인건비를 통합 관리할 수 있는 인건비풀링제의 도입, 연구수당의 선지급 및 간접비의 주관연구기관 자율집행 등을 허용하였다. 또한, 연구과제계획서 제출 서식을 50~200쪽에서 5~30쪽으로 대폭 간결화하고, 불필요한 보고. 승인사항의 폐지, 대학 또는 출연연구기관의 산업체 대응자금 의무화 및 가점제 폐지, 전자정산제 확대 도입 등을 추진하기로 하였다. 연구관리 전문기관의 연구비 정산을 전수정산에서 샘플정산으로 전환하여 연구주체의 자율성을 강화하는 한편, 연구비 유용 등 부정행위에 대해서는 국가연구개발사업 참여제한기간 연장(3 → 5년), 간접비 비율 하향조정 등 책임성을 강화하였다. 연구결과의 사업화를 촉진하기 위해 지적재산권의 소유권을 지분에 따른 공동소유에서 주관연구기관 단독소유 원칙으로 전환하고, 기술료 징수방식을 출연정률제에서 매출정률제로 전환하는 방안도 추진해 나갈 계획이다.

향후 R&D 재정투자의 방향

글로벌 경쟁의 심화, 에너지.자원 위기 속에서 세계 각국간 새로운 성장동력 확보 경쟁이 치열해지고 있는 상황에서 우리 경제가 성공 신화를 이어나가기 위해서는 새로운 성장동력을 발굴하고 육성하는 것이 매우 시급한 실정이다. 글로벌 추세에 능동적으로 대응하기 위해 정부가 의욕적으로 R&D 투자를 확대해 나가고 있지만, 우리 경제의 규모에 비추어 볼 때 R&D 투자재원은 절대 규모 면에서 제한적일 수밖에 없다. 이를 극복하기 위해서는 한정된 재원을 전략적으로 투자하고, 투자의 효율을 극대화하려는 노력은 불가피한 선택이다. 정부는 세계적인 기술추세에 능동적으로 대응하면서 R&D 투자의 성과를 획기적으로 제고하기 위해서 세계시장에서 기술을 선점하고 신산업을 창출할 수 있는 녹색기술 등 신성장동력사업을 적극 발굴,육성하고, 기초,원천연구를 중심으로 한 창조형 R&D정책을 추구함으로써 과학기술 경쟁력을 제고해 나갈 것이다. 아울러, R&D 투자의 효율을 저해하는 각종 제도와 관행을 적극적으로 개선하여 과학기술 투자가  향후 선진한국 건설에 든든한 밑거름이 될 수 있도록 가일층 노력할 것이다.

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1) 세계수준의 연구중심대학 육성*(WCU, ’08년 1,650억원) 등 일부 사업이 R&D사업으로 재분류됨으로써 ’08년 R&D예산이 10.8조원에서 11.1조원으로 조정되었고, 그에 따라 ‘12년도 R&D예산 목표도 16.2조원에서 16.6조원으로 변경하였음  
2) 정보.전자 및 기계.제조 분야의 투자비중은 감소했으나, 절대 투자액은 19.0 → 19.7조원, 13.1 → 13.8조원으로 각각 증액 편성되었음.
3) PBS(Project Based System) : 출연연구기관 연구원의 인건비를 예산으로 직접 지원하지 않고, 경쟁을 통해 수주하는 연구과제에 계상하는 제도(‘96년 도입)

글. 송병선 기획재정부 연구개발예산과장